Des applications industrielles nombreuses sont présentées ici : traitement des sols, fertilisation des sols, purification de l’air, épuration des eaux, production d’énergie, préparations de réactifs.

Ainsi une souche de pénicillium permet d’obtenir de l’acide citrique à partir du saccharose contenu dans des mélasses pour une production mondiale estimée à près de 2Mt par an ! In tableau synthétique présente les avantages des procédés biotechnologiques : investissement assez faibles en raison des températures requises 20-40°C assez basses, simplicité des équipements, faible consommation d’énergie. Les inconvénients sont liés au manque de flexibilité et aux coûts liés au tri par exemple des déchets des ordures ménagères.