L’ingénierie alimentaire consiste à transformer, ajouter des ingrédients, formuler, dans le but de répondre à des besoins physiologiques, qu’ils soient nutritionnels, sanitaires ou organoleptiques. Pour cela il faut savoir tenir compte de l’environnement chimique et/ou physique dans lequel se trouvent les molécules composant les aliments.

L’exemple pourtant simple de la cuisson d’un biscuit ou d’un gâteau montre la complexité du système et les nombreux acteurs et les nombreuses molécules qui interviennent dans la chaîne alimentaire. Pour réaliser cette évolution vers l’ingénierie des aliments et le diagnostic de sécurité alimentaire, il faut mettre au point des outils d’aide à la décision : des exemples sont donnés.